Kromě zásad hlubinně analytického a existenciálně analytického přístupu k biblickému textu (podrobněji viz zde zanořené stránky), se hagioterapie opírá o čyřstupňový model ontogeneze lidské spirituality, jak ho jako odpovědi na otázku „co je správné“ zformuloval M. Scott Peck. Peckova škála nepopisuje obsah imperativů, „co“ má být, ale jejich strukturu, „jak“ má být správné hledáno. Představuje v praxi modifikované závěry empirických výzkumů Lawrence Kohlberga a Carol Gilliganové (ontogeneze morálního vývoje) a Jamese Fowlera (ontogeneze náboženské víry). Tato škála definuje jednotlivé vývojové stupně následujícím způsobem:

1. Stadium egoisticko asociální („správné = já chci“): Člověk tohoto stadia preferuje vše, co vede k jeho osobnímu prospěchu, a to i v situacích, kdy lež, bezzásadovost a osobní prospěchářství ho vedou k dlouhodobým problémům. Obdobou je malé dítě, které si vše vynucuje.

2. Stadium dogmaticko normativní („správné = vyšší řád“): Člověk tohoto stadia přijímá psaná či nepsaná pravidla nějaké náboženské nebo společenské instituce. Často úzkostně lpí na jejích zvyklostech a konvencích (ženy – svaté trpitelky) či na mínění jejích jasně definovaných autorit (muži – fanatičtí sektáři). Nositelem „vyššího“ řádu bývá rodina, církev, ale i různé společnosti, sportovní kluby atd. Člověka tohoto stadia lze přirovnat k dítěti uznávající rodiče za jasnou a neměnnou autoritu, které je v podstatě rádo poslouchá.

3. Stadium individuálně pragmatické („správné = smysluplné“): Člověk tohoto stadia je zdravě polemizující a v centru jeho snah stojí hledání smysluplné aplikace obecných norem na konkrétní situaci. Typický je racionální přístup ke světu i k morálce, kriteriem rozhodování je větší dobro nebo alespoň menší zlo. Důraz se klade na autonomní poznání pravdy. Tito jedinci jsou pilířem společnosti, představují její jistotu a spolehlivost. Dospělý věk charakterizuje toto stadium v osobním stupni vývoje.

Poznámka: Na základě Kohlbergových výzkumů bylo třeba mezi stupeň č. 2 a stupeň č. 3 zařadit vývojově slepý regresní stupeň č. 2,5 – stadium hodnotově relativistické („správné = nemáš pravdu“): Lidé tohoto stadia se vždy a ze zásady vymezují vůči nárokům jakékoliv vnější autority či konvence a v centru jejich přístupu ke světu stojí buď skepse („nikdo nemá pravdu“), případně vzpoura („já mám pravdu“). Paralelou je pubertální věk.

4. Stadium „mystické“ („správné = ne-sebeobranné“): Člověk tohoto stadia ví, že jeho pohled na svět je vždy zkreslen jeho nevědomými procesy a nejrůznějšími zraněními. Je natolik osobnostně zpevněn, že od nich dokáže odhlédnout. Důraz klade na uzávorkování predispozic, jež do něj vložila genetika a raná dětská zkušenost, a touha přispět dobru je pro něj silnější než požadavek vyhnout se bolesti a nebýt zraňován (zejména narcisticky). Ideálem je motivace bez sebeobran, popírání, racionalizací a krytí. Paralelou je období životní vyzrálosti a moudrosti.

Protože v hagioterapeutické praxi nejde o obsahovou indoktrinaci člověka, ale o pomoc ve strukturálním rozvoji jeho osobnosti, terapeutický proces je řízen tak, aby při něm docházelo k náhledu, že stávající postoje, pocity a poznatky nejsou schopny relevantně strukturovat vnitřní zkušenost člověka, a současně aby se mu vynořovala nabídka strukturace vyššího a zralejšího řádu. Pro každého má tak případná pomoc v řešení jeho problémů zcela jiný charakter. Asociálnímu jedinci je například začlenění do nějaké organizace s pevnými pravidly typu protialkoholní komunity, církve, sportovního klubu, výrazně větší pomocí, než vědeckému pracovníkovi racionální a pragmatické mysli a pod.